상왕산 보원마을에 있는 절터이다. 옛 보원사의 창건연대와 소멸시기는 기록된 문헌이 없어 정확히 알수는 없다. 예부터 전하는 이야기와 출토된 유물로 보아 백제시대 창건된 사찰로 추정되고 있다. 법인국사보승탑비에 승려 1,000여 명이 머물렀다는 기록으로 미루어 보아 당시에는 매우 큰 절이었음을 짐작할수 있다. 보원사지 석조(보물 제102호)당간지주(보물 제103호),오층석탑(보물 제104호)법인국사보승탑(보물 제105호) 등 많은 문화재가 남아 있다.
가까이에 서산 마애삼존불을 비롯해 불교유적이 집중 분포하고 있어 불교사 연구에 중요한 자료가 되는 유적이다.경내(境內)에는 몇몇의 건물 장수석(長壽石) 등이 있을 뿐 아무런 건물(建物)이 없다. 그러나 보물(寶物)로 지정(指定)된 석조(石槽),당간지주(幢竿支柱),오층석탑(五層石塔), 법인국사보승탑(法印國師寶乘塔),동탑비(同塔碑) 등이 있으며 비문(碑文) 기록(記錄)에 의하면 승려 천여명(千餘名)이 기거했다하므로 대찰(大刹)이었음이 분명(分明)하다.이곳에서 서산(瑞山) 마애삼존불(磨崖三尊佛)까지는 가까운 거리이며 이러한 상황에서 볼 때 이 지역은 한국불상의 선구지역이라 해도 과언이 아닐 것이다.
보원사지는 가야산(677.6M) 줄기의 상왕산 동편 계곡에 조성된 서산마애삼존불상이 위치한 곳에서 강당천(講當川) 옆 소로를 따라 상류로 2M쯤 올라가면 보원사의 옛터가 한눈에 보인다. 옛 보원사의 창건 연대와 소멸 시기가 전해진 문헌이 없어 정확히 알 수 없다. 옛부터 전하는 이야기와 출토된 유물로 보아 백제 시대부터 사찰이 있었던 것으로 추정하고 있다.
1969년에 보원사지의 금당지 남쪽 건물터에서 백제시대(6세기 중엽) 금동불입상(크기 9츠)dl 출토되어 부여 박물관에 보관되어 있으며 1918년 금당지에서 중앙박물관으로 가져간 철조여래좌불상(크기 1.5m)이 학계에서 연구된 결과 통일신라 시대의 철불로 알려졌으며 1968년에 보원사지에서 출토되어 중앙박물관에 보관된 신라시대 금동여래입상 등이 출토된 사례와 통일신라말 진성여왕 7년(893)에 부성군(富城郡-현 서산) 태수를 역임한 고운 최치원이 남긴 법장화상전(法藏和尙傳)에 ‘웅주 가야협(雄州 伽倻峽) 보원사는 의상(義湘)을 계승한 십사(十寺) 중의 하나’라는 기록문으로 볼때 통일신라말 당시에 보원사가 있었음을 알 수 있다.
현재 보원사지내에 현존한 보물 제102호 석조, 보물 103호 당간지주, 보물 104호 5층석탑, 보물 105호 법인국사보승탑(法印國師寶乘塔), 보물 106호 법인국사보승탑비(法印國師寶乘塔碑) 등 6점의 석조 유물들은 고려초기에 조성된 것으로 추정된다.
상기와 같이 출토된 유물과 문헌 및 현존 석조유물들로 미루어 보아 이곳 보원사지는 백제시대에 보원사가 창건되어 통일신라시대를 거쳐 고려 시대에 들어와서 고려 제4대 광종의 국사였던 법인국사가 보원사에 기거하면서 보원사를 크게 중창하여 조선시대까지 존치해 온 것으로도 추정되고 있다.
보원사의 소멸 연대 또한 정확히 알 수 없으나 다만 개심사에 보존된 경판(經板) 중에 조선 명종 20년(1565), 21년(1566), 선조 24년(1591)에 제작된 보원사 제품이 발견되어 보원사가 1591년 이후 소멸된 것으로 추정된다. 법인국사 보승탑비의 내용에 승려 1천여 명이 기거했다는 명문이 보이며 사지내에 100여개소의 크고 작은 사찰 건물터가 남아 있다. 보원사지의 사적 지정 면적은 31,123평이다.
